小智和皮卡丘等一行同伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩突如其来并被逼与小智锁在了一同。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们一起生活，因而十分厌烦人类，但这条奇特的锁链却让他们无法分隔，美妙的故事就此开端。小智与皮卡丘又将一同开端新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了终年寻求的终极创造——500 年前诞生于阿佐特王国的人工宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的不知道力气，贪婪又凶恶的贾维斯妄图使用这股力气来控制王国。小智和波尔凯尼恩将会怎么化解互相的过节？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的根由？他们要怎么一起对立贾维斯解救阿佐特王国？玛机雅娜的终究命运又将怎么结局？一场精灵宝可梦史上最巨大的战争行将打开！
