故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战役的平行世界。这一前史转折点导致地球联邦与吉翁公国的实力格式剧变。在空中世界殖民卫星日子的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷进不合法MS决战竞技“军团战”，她驾驭着奥秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其间，而被通缉的奥秘MS“高达”驾驭员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少年的相遇，愿望就此交错，世界世纪敞开了新的未来......。
